Uppvuxen i Jönköping kom Bauer under hela sitt liv att i sin konst återkomma till den småländska, orörda naturen med sin mystik, där troll och andra sagofigurer syns växa fram ur klippblocken. Den svenska naturen besjälas genom Bauers behandling och framstår som en mytisk urkraft vars gestaltning ändå bär spår av konstnärens samtid i form av de påtagliga influenserna av japonism samt den nordeuropeiska jugendstilen.

Under studieåren fascinerades han visserligen av det tidiga tyska och italienska måleriet men återvände snart till den svenska sagoskogen.
Efter giftermålet blev hans hustru prinsessan med det blonda håret, medelpunkten i så många av teckningarna, bl.a. till ”Tomtar och troll”, som han började utge 1907 och gav honom rangen av vår främste sagoskildrare.

Hela familjen Bauer omkom vid ångaren Per Brahes förlisning på Vättern 1918. John Bauer är representerad på Sveriges större museer samt i privatsamlingar i Tyskland och USA.